Za postać Garry’ego Buckmana-Lampkina w komediodramatu Rona Howarda Spokojnie, tatuśku (Parenthood, 1989) u boku Steve’a Martina i Dianne Wiest był nominowany do Young Artist Award za najlepszy występ wiodącego młodego aktora w filmie fabularnym.
Dobrze zapowiadającą się karierę braci Phoenix przerwała tragedia, gdy 31 października 1993 w wieku zaledwie 23 lat, z powodu przedawkowania narkotyków, zmarł brat River. Wówczas Joaquin wycofał się z życia zawodowego. Powrócił na ekran w roli Jimmy’ego, uwodzonego przez Suzanne (Nicole Kidman) w prezentowanym poza Konkursem Głównym na festiwalu w Cannes komediodramacie kryminalnym Gusa Van Santa Za wszelką cenę (1995) z Mattem Dillonem. Zagrał w melodramacie Abbottowie prawdziwi (Inventing the Abbotts, 1997) z Liv Tyler, dramacie kryminalnym Droga przez piekło (U Turn, 1997) u boku Seana Penna, Jennifer Lopez i Nicka Nolte, dramacie sensacyjnym Powrót do raju (Return to Paradise, 1998) z Vince’em Vaughnem i Anne Heche.