Sezon 2018/2019 rozpoczął się słabo. Dynamo przegrało 1:9 z 1. FC Köln w Pucharze Niemiec. Mecz rozegrano na Stadionie Olimpijskim w Berlinie, ponieważ Friedrich-Ludwig-Jahn-Sportpark był niedostępny. Spotkanie obejrzało 14 357 widzów, co było rekordem frekwencji klubu po 1990 roku. Po rundzie jesiennej trener René Rydlewicz ustąpił ze stanowiska, a zastąpił go Matthias Maucksch. Drużyna zakończyła sezon ligowy na 12. miejscu.
Od sezonu 2019/2020 trenerem był Christian Benbennek. Rozgrywki zostały przerwane z powodu pandemii COVID-19, a tabela końcowa ustalona metodą ilorazową. Dynamo uplasowało się na 6. miejscu. W 2021 roku klub zdobył Puchar Berlina, pokonując Berliner AK. Sezon 2021/2022 był jednym z najlepszych w historii Regionalligi dla BFC Dynamo. Drużyna zdobyła mistrzostwo Regionalligi, prowadząc w tabeli od 18. kolejki. W barażach o awans do 3. ligi klub przegrał jednak dwumecz z VfB Oldenburg 2:3. Wkrótce potem rozstał się z trenerem Benbennekiem. Nowym szkoleniowcem został Heiner Backhaus. W sezonie 2022/2023 BFC Dynamo zajęło 6. miejsce. Przed sezonem 2023/2024 do klubu powrócił Rufat Dadashov. Po dobrym początku rozgrywek Backhaus został zwolniony we wrześniu 2023 roku z powodu zarzutów o działanie na szkodę klubu. Zastąpił go Dirk Kunert.