Okres po przyłączeniu do RFN W 1990 klub zmienił nazwę na FC Berlin, ale w 1999 wrócił do dawnej nazwy. Po zjednoczeniu Niemiec, dla klubu nadeszły ciężkie czasy. Po utracie patronatu Stasi klub szybko spadł do trzeciej ligi. W sezonie 2000/01 Dynamo grało w IV lidze, pomimo wygrania swej grupy, w barażach o awans nie sprostało 1. FC Magdeburg, a w następnym sezonie zbankrutowało i wycofało się z rozgrywek na rok. W sezonie 2002/03 Dynamo wygrało V ligę (Verbandsliga) i w latach 2003–2008 nieprzerwanie grało na czwartym poziomie rozgrywek w Oberlidze. Po reformie rozgrywek latem 2008 roku i utworzeniu 3. Ligi, Oberliga stała się piątym szczeblem rozgrywek.
W sezonie 2013/2014 roku BFC awansował do Regionalligi. Sprawa awansu została rozstrzygnięta 5 kwietnia 2014 roku. Zespół, który odniósł sukces w sezonie 2013/2014, w dużej mierze pozostał niezmieniony. W inauguracyjnym meczu Regionalligi, Dynamo zremisowało 1:1 na wyjeździe z FC Carl Zeiss Jena. W trakcie rundy jesiennej trener Volkan Uluc zrezygnował ze stanowiska. Zespół tymczasowo prowadził Martino Gatti, a następnie nowym szkoleniowcem został Thomas Stratos. Do przerwy zimowej BFC Dynamo zajmowało 7. miejsce w tabeli i pozostawało niepokonane od momentu objęcia drużyny przez Stratosa.