Cesarz Wilhelm II Hohenzollern napisał w swoim telegramie kondolencyjnym: „Ubolewam nad śmiercią tego niezwykle zasłużonego badacza nauk medycznych i cierpienia ludzkości, którego dzieło życia zapewni mu nieśmiertelną sławę i wdzięczność wśród świata i potomności.” Paul Ehrlich został pochowany na cmentarzu żydowskim we Frankfurcie (blok 114 N).
Praca Metody barwienia dla hematologii mały|Komórki tuczne w hodowli komórkowej Kuzyn Ehrlicha Carl Weigert jako pierwszy zabarwił bakterie barwnikami na początku lat 70. XIX wieku i wprowadził barwniki anilinowe do histologii i diagnostyki bakteryjnej. Podczas studiów w Strasburgu pod kierunkiem anatoma Heinricha Wilhelma Waldeyera, Ehrlich nadal zajmował się barwnikami i barwieniem tkanek do badań mikroskopowych. Na ósmy semestr Ehrlich wyjechał do Fryburga Bryzgowijskiego, gdzie zajmował się głównie barwnikiem dalii. Z tego okresu pochodzi jego pierwsza publikacja. W 1878 złożył rozprawę zatytułowaną „Wkład w teorię i praktykę barwienia histologicznego” (Beiträge zur Theorie und Praxis der histologischen Färbung).