14 sierpnia 1883 w synagodze w Prudniku ożenił się z Hedwig Pinkus. Ojciec Hedwig, Josef Pinkus, który odziedziczył po teściu Samuelu Fränklu zakład włókienniczy w Prudniku (późniejszy „Frotex”), sfinansował Ehrlichowi urządzenie nowoczesnego laboratorium. Bratem Hedwig był Max Pinkus, prudnicki przedsiębiorca, bibliofil i mecenas sztuki. Ehrlich zamieszkał w Prudniku, w willi rodziny Fränkel przy obecnej ul. Kościuszki. Swoją żonę traktował jako równorzędną partnerkę. Później opowiadał się także za podwyżką płac dla pracownic w swoim instytucie, ponieważ uważał, że płaci im się za mało w porównaniu z pracującymi tam mężczyznami. W 1884 roku małżeństwu urodziła się córka Stefanie, a w 1886 druga córka Marianne. Posag z małżeństwa uwolnił Ehrlicha od kłopotów finansowych, dzięki czemu mógł on również pokonać okres bezrobocia. Znajomi Ehrlicha opisywali go jako skromnego w życiu osobistym, a jego jedyną słabością były cygara.