Organizowano w nim wiele różnorodnych wystaw czasowych, głównie poświęconych znanym mieszkańcom Lublina lub ważnym miejscom i działalności nieistniejących już firm i instytucji, a także wystawy sztuki, w tym cykliczne ekspozycje sztuki współczesnej. Miejscem ekspozycji było nie tylko wnętrze Bramy Krakowskiej, ale również zewnętrzne krużganki.
Zbiory Muzeum posiada wiele zbiorów z przeszłości miasta – zabytki archeologiczne, dokumenty, fotografie, obrazy, czasopisma, pocztówki, wydawnictwa okolicznościowe, afisze, plakaty, druki ulotne oraz przedmioty użytkowe. Działy zbiorów to m.in.: zbiory artystyczno-historyczne, prasa, fotografie, zbiory dawnego Muzeum Trybunału Koronnego, zbiory dawnego Muzeum Historii Ruchu Robotniczego im. Bolesława Bieruta, dawna dokumentacja Muzeum Lubelskiego. Do cennych kolekcji należy zbiór pamiątek związanych z powstaniem styczniowym oraz zesłańcami syberyjskimi. Przechowuje również pamiątki po pierwszych latach działalności Muzeum Lubelskiego. Gromadzi również dokumentację współczesności, od lat 80. XX gromadzi materiały o ruchu „Solidarność”.