Od momentu powstania synapsy dochodzi do obustronnego przekazywania sygnałów między komórkami tworzącymi synapsę. Ostateczny wynik takich oddziaływań zależy jednak nie tylko od tego, czy synapsa się ukształtuje, ale także od tego, jakie cząsteczki białkowe się w niej znajdują. W zależności od ich repertuaru może bowiem dojść do wytworzenia zarówno sygnału aktywującego, jak i supresyjnego.
Zakres stosowania pojęcia synapsy immunologicznej Pojęcie synapsy immunologicznej odnosi się do oddziaływania pomiędzy komórką limfoidalną a komórką docelową. W przypadku kształtowania się swoistej odpowiedzi odpornościowej chodzi tutaj o interakcje limfocytu Th oraz komórki prezentującej antygen, "profesjonalnej" lub "nieprofesjonalnej" (np. makrofaga). Z synapsą immunologiczną mamy także do czynienia przy okazji pobudzania limfocytu B przez limfocyt Th. Struktura taka tworzy się również w przypadku oddziaływania komórek cytotoksycznych (limfocytu Tc lub komórki NK) z komórką docelową.