Napięcia gospodarcze doprowadziły do konfliktów etnicznych między Malajami a Chińczykami, którzy przez tych pierwszych uważani byli za intruzów bogacących się na kryzysie.

W czasie II wojny światowej Malaje dostały się pod okupację japońską i tajską – poszczególne terytoria zajęte zostały przez Japonię pomiędzy końcem 1941 roku a początkiem 1942 i pozostawały pod jej okupacją do 1945, z wyjątkiem Kedahu, Kelantanu, Perlis i Terengganu, które w 1943 roku Japończycy przekazali Tajlandii. W trakcie okupacji Japończycy ograniczyli eksport produktów malajskich do nieznacznej ilości wymaganej do poprawnego działania gospodarki Japonii, co niekorzystnie odbiło się na mieszkańcach Malajów utrzymujących się z eksportu, oraz doprowadziło do likwidacji wielu kopalni i plantacji kauczuku. W rezultacie w 1942 roku w pogrążonym w kryzysie kraju doszło do poważnej klęski głodu, na którą odpowiedzią było powstanie partyzantki antyjapońskiej na czele z Antyjapońską Armią Narodów Malajów, która w późniejszych etapach okupacji japońskiej była potajemnie szkolona i zbrojona przez BrytyjczykówJackson, Robert (2008). The Malayan emergency. London: Pen & Sword Aviation. s. 10..