Zanim parafia otrzymała za patronkę Matkę Boską Bolesną, jej patronami byli: św. Mikołaj, św. Walenty i św. Wawrzyniec.
W początkach parafia limanowska administrowana była przez zakon Marków – kanoników regularnych kierujących się regułą św. Augustyna). Potem administrację nad parafią przejęła diecezja krakowska. Od roku 1786 w którym to utworzona została diecezja tarnowska, parafią kierują księża diecezji tarnowskiej. W roku 1892 limanowska parafia została stolicą dekanatu.
Kościół Pierwszy drewniany kościół spłonął w 1769, podczas pożaru miasta. Na jego miejsce zbudowano nową drewnianą świątynię, która przetrwała do roku 1909, kiedy to została rozebrana w celu udostępnienia placu pod budowę kolejnego kościoła, który przetrwał do dziś.
W latach 1911–1918 ówczesny proboszcz limanowski ks. prałat Kazimierz Łazarski wybudował nową świątynię z powszechnego w tamtym rejonie (piaskowca) według projektu architekta Zdzisława Mączeńskiego. Konsekracja kościoła odbyła się 6 października 1921, przez biskupa tarnowskiego Leona Wałęgę.