12 marca 1945 dotarła do Kołobrzegu, gdzie od kilku dni trwała bitwa o miasto. Mimo grypy uczestniczyła razem z 10 pp w ataku na parowozownię i zakłady farmaceutyczne w Kołobrzegu. 14 marca 4 DP zdobyła parowozownię. 16 marca rozpoczęto atak na zamienioną w twierdzę fabrykę farmaceutyczną Anhalt. Na własną prośbę Emilia Gierczak dołączyła do grupy szturmowej. W godzinach popołudniowych rozpoczął się atak za zakłady farmaceutyczne. Gierczak ruszyła na czele plutonu, który zdołał zdobyć fabrykę. Po zdobyciu zakładu pluton rozpoczął pogoń za Niemcami. Podczas niej Gierczak została trafiona pociskiem w skroń. Zginęła na miejscu. Kulę wystrzelono prawdopodobnie z nieistniejącej już willi, sąsiadującej z fabryką farmaceutyczną.
Po bitwie pochowano ją w pobliżu jej miejsca śmierci, kilka miesięcy później na założonym 1 listopada cmentarzu żołnierzy polskich i radzieckich. 27 kwietnia 1963 miał miejsce jej trzeci pogrzeb, na Cmentarzu Bohaterów Walk o Kołobrzeg. Grób ppor. Emilii Gierczak jest położony w centralnej części cmentarza, w pobliżu Pomnika Chwały.