Krótko po pojawieniu się antygenu HBs pojawia się również antygen HBe. Zwykle obecność antygenu HBe w surowicy świadczy o wysokiej replikacji wirusa i większą zakaźnością. Istnieją jednak szczepy HBV nie produkujące antygenu HBe, więc zasada ta nie zawsze jest prawdziwa. W naturalnym przebiegu infekcji antygen HBe może zostać usunięty przez organizm gospodarza i pojawić się przeciwciała anty-HBe. Zwykle wiąże się to ze znacznym spadkiem replikacji wirusa.
Jeśli organizm jest w stanie zwalczyć infekcję, antygen HBs stanie się niewykrywalny i pojawią się przeciwciała w klasie IgG przeciwko antygenom HBs i HBc. Okres między zanikiem antygenu HBs a wytworzeniem przeciwciał nazywany jest oknem serologicznym. Osoby z obecnymi przeciwciałami anty-HBs zwalczyły infekcję lub zostały zaszczepione.
Osoby, u których antygen HBs jest wykrywalny dłużej niż 6 miesięcy, uważane są za przewlekle zakażone. Osoby takie mogą mieć przewlekłe zapalenie wątroby, które odzwierciedla się podwyższeniem aminotransferazy alaninowej w surowicy.
Badania metodą PCR zostały opracowane w celu wykrycia i zmierzenia ilości DNA wirusa HBV. Stosuje się je do oceny stanu zakażeniu człowieka i monitorowania leczenia.