Możemy wyróżnić: zakażenia bezobjawowe, z pełnym wyleczeniem i nabyciem odporności (80%) słabo wyrażone zakażenia objawowe z pełnym wyzdrowieniem ostre zapalenie wątroby, często z żółtaczką (mały odsetek przypadków) piorunujące zapalenie wątroby z wysoką śmiertelnością (0,1% przypadków) różnie wyrażone przewlekłe zapalenia wątroby (u dorosłych 7% przypadków) zakażenia z wysoką replikacją, bez serokonwersji HBe (HBe+) zakażenia z niską replikacją z przeciwciałami AntyHBe (HBe-) nosicielstwo HBs, bez replikacji wirusa i cech zapalenia wątroby, jako następstwo długotrwałego procesu przewlekłego późne następstwa przewlekłego zapalenia wątroby: marskość wątroby i jej powikłania (wodobrzusze, encefalopatia wątrobowa, zespół wątrobowo-nerkowy, krwotoki z żylaków przełyku, rak wątrobowokomórkowy)
Okres wylęgania wynosi od 6 tygodni do 6 miesięcy, po którym następuje mniej lub bardziej wyrażona faza ostra. W 80% przypadków choroba przebiega bezobjawowo lub skąpoobjawowo, w 10% przypadków pojawia się żółtaczka. W 90–95% przypadków zakażenie kończy się samoistnym wyleczeniem. W znikomej liczbie przypadków (0,1–0,5%) zakażenie rozwija się w nadostre zapalenie wątroby, z masywną martwicą hepatocytów, powodującą niewydolność wątroby (przeżywalność 20–30%).