Na pas wydm wpłynęła także rozbudowa mola spacerowego.
Głównym ciekiem wodnym jest struga Stary Zdrój, która wypływa z centrum Międzyzdrojów w kierunku południowym, gdzie uchodzi do jeziora Wicko Małe.
Przyroda Według danych z 2005 roku miasto obejmowało 73 ha lasów i gruntów leśnych, 60 ha użytków rolnych.
Międzyzdroje otoczone są na lądzie obszarem „Wolin i Uznam”, a od morza strefą „Ostoja na Zatoce Pomorskiej”, będącymi specjalnymi obszarami ochrony przyrody programu Natura 2000.
W mieście znajdują się pomniki przyrody i drzewa pomnikowe: buki „Króla Władysława IV” – 3 buki o obwodach 420, 325, 320 cm cis „Jadwiga” – cis pospolity o obwodzie 94 cm (ul. Zwycięstwa 41) cis „Jagiełło” – cis pospolity o obwodzie 140 cm (ul. Zwycięstwa 41) cisy „Strażnicy Księcia” – cisy pospolite o wysokości 5 m (ul. Gryfa Pomorskiego i ul. Krótka) dąb „Bolko” – dąb szypułkowy o obwodzie 435 cm, wysokość 22 m (ul. Kolejowa i ul. Leśna) dąb „Karczmarz” – dąb bezszypułkowy o obwodzie 415 cm, wysokość 24 m (ul. Gryfa Pomorskiego i ul. Spokojna), dąb „Regalinda” – o obwodzie 460 cm (ul. Kolejowa – Leśne Ustronie) dąb „Storrada” – dąb szypułkowy o obwodzie 310 cm (ul. Kolejowa 24) dąb „Szwedzki” dąb „Telesfor” – dąb szypułkowy o obwodzie 465 cm, wysokość 24 m, wiek około 500 lat (ul. Gryfa Pomorskiego i ul.