Wybuch II wojny światowej zastał Wydział Mechaniczny w trakcie rozbudowy i aktywnej działalności dydaktycznej. W połowie listopada 1939 władze okupacyjne zarządziły zamknięcie wszystkich szkół wyższych w Warszawie. Jednak Politechnika Warszawska nie zawiesiła działalności i prowadziła tajne nauczanie, w latach 1939–1944 Wydział Mechaniczny ukończyło 55 inżynierów.
W grudniu 1945 reaktywowany został Wydział Mechaniczny, jego dziekanem został prof. Stanisław Płużański, rozpoczęto kształcenie w kierunkach: energetyczno-konstrukcyjnym, komunikacyjnym, lotniczym, technologicznym i uzbrojenia. W roku 1951 podjęta została decyzja o połączeniu Politechniki Warszawskiej ze Szkołą Inżynierską imienia Wawelberga i Rotwanda. W wyniku połączenia na Politechnice Warszawskiej powstało pięć wydziałów mechanicznych: Mechaniczno-Konstrukcyjny, Lotniczy, Mechaniczno-Technologiczno-Konstrukcyjny, Mechaniczno-Technologiczny i Agromechaniczny. Dziekanem Wydziału Mechaniczno-Konstrukcyjnego został prof. Ignacy Brach, a Wydziału Lotniczego doc. Leon Niemand. W latach 1951–1953 powstały Gmach Nowy Lotniczy oraz Gmach Techniki Cieplnej.