W eliminacjach występowała także kadra Libii - pierwotny gospodarz turnieju, któremu następnie odebrano organizacje PNA 2013.
Kwalifikacje
W 2010 roku CAF postanowiła, że kolejne turnieje będą odbywały się nie w latach parzystych jak dotychczas, lecz od 2013 roku w latach nieparzystych. Dlatego eliminacje do PNA 2013 zostały rozegrane w szybkim tempie kilku miesięcy, tuż po zakończeniu turnieju PNA 2012. W związku z tym zrezygnowano z klasycznej formuły eliminacji prowadzonych w grupach, a zdecydowano się na dwumecze. Kwalifikacje przebiegły w trzech fazach i trwały od 8 stycznia 2012 roku do 14 października 2012.
Zakwalifikowane drużyny DrużynaDwumecz kwalifikacyjnyLiczba występówdotychczasNajlepszy wynikOstatni występGospodarz7 Mistrzostwo (1996)2008Zwycięzca dwumeczu nr 18 II miejsce (1972) 2012Zwycięzca dwumeczu nr 26 Ćwierćfinał (2008, 2010) 2012Zwycięzca dwumeczu nr 318 Mistrzostwo (1963, 1965, 1978, 1982)2012Zwycięzca dwumeczu nr 416 Mistrzostwo (1980, 1994) 2010Zwycięzca dwumeczu nr 515 Mistrzostwo (2012) 2012Zwycięzca dwumeczu nr 6DebiutantZwycięzca dwumeczu nr 714 Mistrzostwo (1976) 2012Zwycięzca dwumeczu nr 815 Mistrzostwo (2004) 2012Zwycięzca dwumeczu nr 91 Faza grupowa (2012) 2012Zwycięzca dwumeczu nr 109 Mistrzostwo (1962) 1982Zwycięzca dwumeczu nr 1114 Mistrzostwo (1990) 2010Zwycięzca dwumeczu nr 1219