Na ścianie na wprost wejścia Michał Anioł namalował fresk „Sąd Ostateczny”. Dzieło powstało na zamówienie papieża Klemensa VII w latach 1536–1541. Kompozycja jest skupiona wokół postaci Chrystusa – sędziego karzącego za grzechy, z Matką Bożą u boku. Wokół zgromadzeni są święci, najczęściej trzymający narzędzia swojej męczeńskiej śmierci. Po prawej stronie ukazany jest św. Piotr z kluczami, poniżej św. Bartłomiej z nożem w ręku i własną skórą (skóra twarzy to autoportret Michała Anioła), na lewo od Bartłomieja – św. Wawrzyniec z rusztem. W górnej części obrazu unoszą się aniołowie trzymający narzędzia Męki Pańskiej. Poniżej centralnej sceny artysta umieścił 11 aniołów bez skrzydeł. Dmą oni w trąby budząc umarłych, którzy, ukazani w dole po stronie lewej, budzą się przy pomocy aniołów, pomagając sobie nawzajem wznoszą się coraz wyżej. Dół po stronie prawej ukazuje scenę strącania do piekieł potępionych przewiezionych na łodzi Charona. Król piekieł to postać z oślimi uszami (Minos), owinięta wężem. Twarz Minosa Michał Anioł namalował podobną do Biagio z Ceseny. Ten mistrz ceremonii na dworze Pawła III ostro potępiał nagość na freskach Buonarrotiego, zatem mistrz zemścił się na nim umieszczając go w ten sposób na swoim malowidle.