Freski na ścianach bocznych thumb|250px|Pietro Perugino, Wręczenie kluczy św. Piotrowi Ściany i sklepienie Kaplicy zdobią freski. Najstarsze umieszczone są na podłużnych ścianach. Zostały wykonane w latach 1481–1483 przez artystów z Toskanii i Umbrii. Często określane są nazwą „Stara Sykstyna”, dla odróżnienia od fresków namalowanych przez Michała Anioła, nazywanych „Nową Sykstyną”. Ścianę po lewej stronie zdobi 6 scen ze Starego Testamentu, a po prawej umieszczono 6 scen z Nowego Testamentu. Są to (patrząc od strony ołtarza): strona lewa: Mojżesz z żoną Seforą w Egipcie – Pietro Perugino Próby Mojżesza – Sandro Botticelli Przejście przez Morze Czerwone – Cosimo Rosselli Mojżesz na górze Synaj – Cosimo Rosselli Ukaranie Korego, Danata, Aribona – Sandro Botticelli Testament i śmierć Mojżesza – Luca Signorelli strona prawa: Chrzest Chrystusa – Pietro Perugino i Pinturicchio Kuszenie Chrystusa – Sandro Botticelli Powołanie apostołów Piotra i Andrzeja – Domenico Ghirlandaio Kazanie na Górze i uzdrowienie trędowatego – Cosimo Rosselli Wręczenie kluczy św.