Od tego czasu Bayern m.in. z Beckenbauerem, Seppem Maierem, Hansem-Georgiem Schwarzenbeckiem, Gerdem Müllerem w składzie stał się siłą w Bundeslidze, wygrywając w sezonie 1965/1966 Puchar Niemiec oraz w sezonie 1966/1967 Puchar Zdobywców Pucharów. Niedługo później Beckenbauer został kapitanem zespołu i w sezonie 1968/1969 wraz z zespołem sięgnął po raz pierwszy w historii klubu mistrzostwo Niemiec. Bayern z Beckenbauerem w składzie w Bundeslidze triumfował jeszcze trzykrotnie w sezonach 1971/1972, 1972/1973, 1973/1974, a także zwyciężał trzykrotnie z rzędu Puchar Europy (1974, 1975, 1976), dzięki czemu klub mógł zatrzymać trofeum na własność oraz Pucharze Interkontynentalnym w 1976 roku.
thumb|Koszulka Beckenbauera New York Cosmos.
W 1968 roku przed meczem Bayernu Monachium w Wiedniu Franz Beckenbauer zrobił na miejscu sesję zdjęciową obok popiersia władcy Austro-Węgier, Franciszka Józefa I. Od tamtej pory Beckenbauer nosi nadany przez kibiców i media przydomek Kaiser (pol. Cesarz)Franz Beckenbauer – TalkFootball .Franz Beckenbauer – “Der Kaiser” [data dostępu:2013-01-15] .. Jednak według raportu niemieckiej gazety „Welt am Sonntag”, to wyjaśnienie pochodzenia przydomku jest nieprawdziwe, choć bardzo popularne.