10 września oficjalnie zadebiutował w barwach Wisły podczas ligowego spotkania z Pogonią Szczecin. 30 listopada rozegrał pierwsze spotkania w europejskich pucharach, gdy Wisła zmierzyła się ze szwajcarskim FC Basel w ramach fazy grupowej Pucharu UEFA. Podczas przerwy przed rundą wiosenną sezonu 2006/07, Małecki był, obok Tomasza Dawidowskiego, najlepszym strzelcem Wisły w okresie przygotowawczym. Zadowolenia z postawy piłkarz nie krył nowy trenery Wisły, Adam Nawałka, który stwierdził, iż Małecki może być odkryciem rundy wiosennej. 4 marca 2007 roku w swoim drugim spotkaniu w Ekstraklasie, w którym Wisła mierzyła się z Górnikiem Zabrze, Małecki zdobył swoją pierwszą bramkę w lidze. Za występ w tym meczu był chwalony przez Nawałkę oraz prezesa klubu Mariusza Helera. Dzień później podczas treningu doznał złamania kości strzałkowej i do gry wrócił dopiero 13 maja.