PRIDE FC mały|240px|Fiodor Jemieljanienko podczas treningu (2006) W 2002 roku Jemieljanienko przeniósł się do PRIDE FC i w pierwszej walce pokonał przez decyzję Holendra Semmy’ego Schilta. Po zwycięstwie z Heathem Herringiem zmierzył się z mistrzem wagi ciężkiej Antônio Rodrigo "Minotauro" Nogueirą. Starcie to odbyło się w marcu 2003 roku na gali Pride 25 i uznawane jest za jedną z najlepszych walk Jemieljanienki. Przez większą część walki dominował w stójce oraz przejawiał inicjatywę w parterze, zasypując Brazylijczyka ciosami pięściami. Wygrał przez jednogłośną decyzję i zdobył mistrzowski pas, który dzierżył do końca istnienia PRIDE FC.
Trzy miesiące później stanął do walki z japońskim zapaśnikiem Kazuyukim Fujitą i omal nie został znokautowany po otrzymaniu celnego ciosu sierpowego. Jednak wyszedł z opresji i wygrał walkę przez duszenie zza pleców. Jednym z następnych rywali miał być główny pretendent do mistrzostwa, była gwiazda K-1, Mirko Filipović. Do pojedynku jednak nie doszło, gdyż Jemieljanienko złamał palec we wcześniejszej walce z Garym Goodridge’em.