W 1999 roku ożenił się z Oksaną. W tym samym roku urodziła się im córka Marija. W 2006 roku jego związek z Oksaną rozpadł się. Rok później jego nowa partnerka życiowa – Marina, urodziła córkę Wasilisę. W 2009 roku para zawarła małżeństwo. W 2011 roku narodziła się ich druga córka − Jelizawieta. W połowie 2013 roku Jemieljanienko rozwiódł się z Mariną i w 2014 roku ponownie zawarł związek małżeński ze swoją pierwszą żoną Oksaną.
Sambo i judo W 1997 roku Jemieljanienko zdobył czarny pas w judo i osiągnął stopień mistrzowski w sambo. W tym samym roku został mistrzem Rosji w judo w kategorii do 100 kg oraz mistrzem Rosji i Europy w sambo bojowym. W 1998 roku zdobył międzynarodowe uprawnienia mistrzowskie w sambo oraz został mistrzem Armii Rosyjskiej na turnieju w Moskwie, wywalczył też dwa brązowe medale na mistrzostwach Rosji − jeden w sambo bojowym, drugi w judo. W 1999 roku zdobył kilka kolejnych medali na turniejach w całej Rosji. Podczas mistrzostw Europy w Stambule był członkiem drużyny narodowej w sambo. Rosjanie zajęli 1. miejsce.