Po ustaleniu wskazań pacjent kierowany jest do leczenia – zwykle w ramach oddziału dziennego. Na chwilę obecną (rok 2015) leczenie polega na stosowaniu: interferonu pegylowanego alfa-2 (Pegasys Peginterferon alfa-2a, Pegintron Peginterferon alfa-2b) podawanego podskórnie raz na tydzień, zwykle w dawce 180 μg rybawiryny podawanej doustnie w dawkach zwykle od 800 do 1200 mg na dobę Ponadto u pacjentów spełniających określone kryteria stosuje się: boceprewir, telaprewir lub symeprewir, będące inhibitorami proteaz (dopuszczone do leczenia WZW C przez amerykańską Agencję Żywności i Leków) sofosbuwir
Od 1 listopada 2015 roku refundowane są również terapie bezinterferonowe, charakteryzujące się wysokim współczynnikiem (ponad 90%) wyleczeń oraz małą możliwością wystąpienia skutków ubocznych.