System ten bywa też jednak wykorzystywany niezgodnie z przeznaczeniem – np: do pozyskiwania adresów E-mail w celu rozsyłania spamu.
Z WHOIS ewoluował siostrzany protokół o nazwie RWhois.
„Chudy” i „gruby” tryb działania Istnieją dwie metody gromadzenia danych, które są dostępne na zapytania protokołem WHOIS: „gruby”: polega na tym, że jeden serwer WHOIS gromadzi informacje pochodzące od wszystkich firm i instytucji mających prawo rejestrowania domen i obsługi numerów IP z określonej grupy domen lub terytorium – np: „gruby” serwer WHOIS może gromadzić informacje o wszystkich domenach *.pl, „chudy”: jeden, centralny serwer WHOIS gromadzi informacje tylko o serwerach WHOIS firm i instytucji uprawnionych do rejestrowania domen i numerów IP bez pobierania szczegółowych danych o każdej domenie z osobna; pytanie do centralnego serwera jest w takim układzie przekierowywane od odpowiedniego serwera odpowiedniej firmy lub instytucji.
System „gruby” działa szybciej i odpowiedzi od niego mają bardziej ujednolicony charakter niezależnie od tego, o jaką domenę czy numer IP się pyta.