Pomimo tego, że warunek zdobycia zamówienia na sto samolotów nie został spełniony, Allen wyraził zgodę na kontynuowanie prac i budowę maszyny prototypowej. Potencjał odbiorców pozwalał żywić nadzieję na zwrot zaangażowanych środków i dalsze zamówienia. Głównym odbiorcą, dyktującym warunki jakie musiała spełnić nowa konstrukcja została linia Eastern Air Lines, która potrzebowała maszyny zdolnej do operowania z lotnisk o ubogiej infrastrukturze i obsługi tras średnich i krótkich. Te warunki zmusiły konstruktorów do zaprojektowania samolotu wyposażonego w schody do wejścia i zejścia z pokładu bez korzystania z pomocy z podstawianych schodów oraz wyposażonej w pomocniczy zespół napędowy. Krótkie i średnie trasy charakteryzują się dużą częstotliwością startów i lądowań, zatem nowy samolot musiał charakteryzować się wytrzymałym podwoziem. Pracę nad maszyną prototypową rozpoczęły się pod koniec 1960 roku. Boeing 727 pierwszy raz znalazł się w powietrzu w 1963 roku i przez następną dekadę był najpopularniejszym samolotem pasażerskim na świecie. Był najlepiej sprzedającym się samolotem odrzutowym aż do lat 80. XX wieku, kiedy został wyprzedzony pod tym względem przez swojego następcę Boeinga 737.