Nierówny wkład struktur mózgu w powstawanie sygnału.
Pofałdowanie kory mózgowej skutkuje różnicami w ułożeniu neuronów względem skóry głowy, przy której znajdują się elektrody EEG. Sprawia to, że rejestrowany jest przede wszystkim sygnał powstający w zakrętach, a w mniejszych stopniu ten pochodzący z bruzd.
Słaby stosunek sygnału do szumu.
Z powodu obecności innych źródeł sygnału elektrycznego (aktywność serca, ruchy gałek ocznych, aktywność elektryczna z otoczenia) uzyskany sygnał zawiera dużą liczbę artefaktów i szumu, który utrudnia interpretację sygnału. Rodzi to konieczność stosowania odpowiednio dobranych filtrów podczas obróbki danych.
Zwykle długotrwałe i uciążliwe dla badanego przygotowanie do badania.
Przeprowadzenie badania wymaga założenia badanemu czepka, nałożenia żelu przewodzącego i ręcznego podpięcia elektrod. Proces ten jest czasochłonny, a wykorzystany żel skleja włosy co dodatkowo obniża komfort osoby badanej. Poczucie dyskomfortu może mieć wpływ na wykonywane zadanie. Istnieją jednak czepki EEG, które pozwalaja ograniczyć czas konieczny na przygotowanie do badania. Czepek zawierający w sobie już popięte elektrody zanurzany jest w solance, a następnie zakładany badanemu.