Tak Stefani skomponował wiele polonezów, mazurków i krakowiaków.
Był także twórcą mszy, oratoriów, a także jedenastu oper. Najbardziej znanym dziełem Stefaniego jest opera na podstawie libretta Wojciecha Bogusławskiego Cud mniemany, czyli Krakowiaki i Górale. Opera zawiera śmiałe nawiązania do muzyki ludowej (polonez, krakowiak, mazur, polka), proste i lekkie arie przypominające francuskie arie tego okresu, a także zupełnie mozartowskie fragmenty muzyczne (np. Vaudeville w drugim akcie). Opera wychodzi poza klasycyzm, a stanowi klasyczny przykład opery wiejskiej, idyllicznej. Dzieło, którego premiera odbyła się w 1794 roku, przyjęto z dziką euforią (nieustanne bisy, przeraźliwie hałasujący lud). W libretcie zakodowane są wyraźne pobudki powstańcze i antyzaborcze, dlatego pomimo sukcesu wystawiono ją tylko trzy razy. Karol Kurpiński wspominał tę operę jako wyjątkowo charakterystyczną i nowatorską (sam skomponował własną jej wersję – Zabobon, czyli Krakowiacy i Górale). Jednak poza zasłoną antyzaborczej euforii dopiero dzisiaj znawcy muzyki klasycyzmu zachwycają się twórczymi rozwiązaniami muzycznymi (przetwarzanie muzyki ludowej, wyniesienie poloneza i mazura do formy wyższej). Po odnalezieniu tej opery przez Leona Schillera mówi się o niej jako o pierwszej operze narodowej.