Chociaż nigdy nie wygrał mistrzostwa Japonii w lidze amatorskiej JSL lub zawodowej J. League, był jednym z najlepszych klubów w okresie od końca lat 80. ub. w., do swojego ostatniego meczu. Klub zdobył kilka trofeów w kraju i za granicą, w tym Puchar Cesarza, Puchar Zdobywców Pucharów Azji i Azjatycki Super Puchar.
W 1998 jeden ze sponsorów – Sato Labs – poinformował o zaprzestaniu swojego wsparcia finansowego klubu. Inny główny sponsor ANA spotkał się z Nissan Motors, głównym sponsorem rywala zza miedzy Yokohama Marinos, i zapowiedział, że oba kluby z Jokohamy zostaną połączone. Kibice od początku byli negatywnie nastawieni do fuzji z największym rywalem. Chociaż litera „F” została dodana do nazwy nowego klubu Yokohama F. Marinos, co miało symbolizować połączenie dwóch klubów, to kibice Flügels odrzucili fuzję i odwrócili się od nowego klubu. Wskutek tego, na wzorzec modelu właścicielskiego socios używanego przez hiszpańskie kluby, założyli nowy klub Yokohama FC – pierwszy japoński profesjonalny klub piłkarski, który jest własnością i zarządzany przez jego kibiców.
Sukcesy Trofea krajowe
Puchar Cesarza zdobywca: 1993, 1998 finalista: 1997 Regional Promotion Series mistrz: 1983