Gdy wojskowi zakwestionowali wyniki wyborów, doszło do secesji Bangladeszu, który został wsparty przez Indie. Secesja Wschodu doprowadziła do kompromitacji rządzącej junty, a w grudniu 1971 roku Bhutto objął urząd prezydenta.
W lipcu 1972 roku Bhutto wynegocjował uwolnienie 93 000 pakistańskich jeńców wojennych oraz 5000 mil kwadratowych terytorium IndiiSharmila Farooqi, Member of PAS (2011). „ZA Bhutto – architect of a new Pakistan”. Sharmila Farooqi, member of Sindh Provincial Assembly of Pakistan. Sharmila Faruqui. Retrieved 15 April 2001. „Muhammad Ali Jinnah was the maker of Pakistan, Zulfikar Ali Bhutto was the architect of Pakistan.”.„Deposed Pakistani PM is executed”. BBC On This Day (British Broadcasting Corporation).. W okresie jego prezydentury wzmocniono relacje z Chinami i Arabią Saudyjską, uznano niepodległość Bangladeszu, a Pakistan stał się gospodarzem drugiego kongresu Organizacji Współpracy Islamskiej w 1974 rokuSharmila Farooqi, Member of PAS (2011), w odróżnieniu do okresu ministerialnego Bhutto;