W 1994 r. ukończyła studia wyższe na kierunku filozofia na Uniwersytecie w Sienie. Rok później wzięła udział w proteście, zorganizowanym przez Greenpeace we francuskiej ambasadzie w Rzymie, przeciwko francuskiemu rządowi w związku z próbami nuklearnymi na Mururoa.
W 2004 r. wydała składankę swoich najlepszych przebojów, nagrywając je ponownie. Album Perle zawiera w większości jej stare utwory w nowych aranżacjach. Przy nagrywaniu płyty współpracowali Christian Lohr fortepian, instrumenty klawiszowe także współproducent oraz kwartet smyczkowy w składzie: Vincenzo di Donna (pierwsze skrzypce), Luigi de Maio (drugie skrzypce), Gerardo Morrone (altówka) i Antonio di Franca (wiolonczela). Z tą orkiestrą Gianna Nannini odbyła trasę koncertową Perle-tour w Europie Środkowej w 2004–2005 r.
W lutym 2006 r. ukazał się album „Grazie” piosenka Sei nell’anima osiągnęła szczyt jednej z włoskich list przebojów. Latem 2006 r. koncertowała z tą płytą po całych Włoszech. Innym przebojem z tej płyty stał się utwór IO.
We wrześniu 2006 r.