W 2014 r. Kim również ograniczyła liczbę startów w sezonie traktując Zimowe Igrzyska Olimpijskie 2014 w Soczi jako główny cel. Wzięła jedynie udział w Golden Spin of Zagreb, które wygrała oraz zdobyła szósty tytuł krajowy. Było to spowodowane urazem stopy i 6-tygodniową przerwą w treningach. Pomimo kontuzji doznanej na początku sezonu Kim Yun-a jechała na igrzyska w roli obrończyni tytułu, jednak konkurencja była bardzo silna, szczególnie ze strony Rosjanek, które występowały w swoim rodzimym kraju. Pierwszego dnia zawodów prowadziła po programie krótkim z nieznaczną przewagą 0.28 pkt nad Rosjanką Adeliną Sotnikową. Kontrowersje pojawiły się kolejnego dnia przy ocenie programu dowolnego solistek. Kim Yun-a zajęła drugie miejsce w programie dowolnym z notą 144.19 pkt, przy czym jej strata do Rosjanki w tej odsłonie wynosiła aż 5.76 pkt. Kim z notą łączną 219.11 zdobyła wicemistrzostwo olimpijskie. Jednak ostateczne rozstrzygnięcie zawodów wywołało zaskoczenie, a niektórzy twierdzą, że był to skandal, który zabrał Koreance złoto olimpijskie. Kontrowersje wynikały ze sposobu oceniania rosyjskich zawodniczek.