Klasyfikacja genetyczna Stosunkowo mało kontrowersyjne są klasyfikacje genetyczne religii, analogiczne do drzew ewolucyjnych. Tak więc np., idąc od współczesności wstecz, gałęzie katolicyzmu i protestantyzmu łączą się w XVI wieku, ich wspólna gałąź łączy się z gałęzią prawosławia w wieku XI, ta zaś, po przyłączeniu kilku gałęzi kościołów wschodnich, łączy się w końcu w I-II wieku z judaizmem. Podobnie można zbudować drzewa zawierające religie Indii (wyznania hinduizmu, buddyzmu, i inne).
Klasyfikacja taka nie wymusza ścisłego podziału na religie i wyznania, nie tworzy też kłopotu z nieortodoksyjnymi ruchami religijnymi – nawet jeśli ktoś uważa, że Świadków Jehowy nie powinno się włączać do chrześcijan, zwykle nie ma nic przeciw stwierdzeniu, że wyznanie to ma wspólne korzenie z wyznaniami chrześcijańskimi.
Z klasyfikacją tą wiążą się jednak też problemy: Niektóre wyznania mają więcej niż jedno źródło, i w klasyfikacji genetycznej nie ma sposobu na wyrażanie tej sytuacji. Sytuacja taka ma miejsce m.in.