W tym samym czasie przeniesiono do Starego Sącza z Podegrodzia siedzibę lokalnych władz.
W 1358 r. Kazimierz III Wielki zezwolił na lokację Starego Sącza na prawie magdeburskim, jednocześnie zwolnił miasto od danin. W 1410 r. miasto zostało spalone przez wojska Zygmunta Luksemburskiego dowodzone przez Ścibora ze Ściborzyc.
W 1679 r. w kościele św. Elżbiety powstały unikatowe organy, odtworzone w latach 2021–2023https://nowysacz.naszemiasto.pl/stary-sacz-inwestycja-kosztowala-majatek-zmudny-remont/ar/c1-9644267. mały|odbudowane organy Jana Głowińskiego (1679) w kościele pw. św. Elżbiety Węgierskiej w Starym Sączu W 1683 r. król Jan III Sobieski po stoczonej bitwie pod Wiedniem, w drodze powrotnej do Warszawy odwiedził miasto, by pokłonić się szczątkom księżnej Kingi. Poparł wówczas starania o beatyfikację Kingi, a w 1690 r. papież Aleksander VIII ogłosił Kingę błogosławioną.
18 kwietnia 1770 r., w czasie Konfederacji barskiej, w okolice miasta przybył marszałek łomżyński Kazimierz Pułaski w celu pomocy wojskom Tomasza Wilkowskiego oraz oddziałom rozstawionym między Czarnym Dunajcem i Konieczną. Pod Starym Sączem doszło do kilkugodzinnej potyczki. W 1770 r. cesarzowa Maria Teresa zajęła starostwa czorsztyńskie, nowotarskie i sądeckie wraz ze Starym Sączem.