Problem zmiany i identyczności Przedmioty mają określone własności. Zasada identyczności Leibniza mówi, że jeśli przedmiot x jest identyczny z przedmiotem y, to każda własność iksa jest też własnością igreka. Jednak przedmioty i ich cechy mogą zmieniać się w czasie. Ontologię interesuje, co decyduje o tym, że przedmiot pozostaje tym samym, mimo jego zmian w czasie (poszukiwanie własności istotnych, por. istota). Natura czasu i przestrzeni to także problemy ontologii.
Możliwość i konieczność Ontologia zajmuje się również analizą modalności. Docieka, czy to, co istnieje, pojawiło się z konieczności. Z tym wiąże się też kluczowy w ontologii problem determinizmu/indeterminizmu.
Obecnie całościowe systemy ontologiczne już praktycznie nie powstają, gdyż z jednej strony większość filozofów zgodziła się z argumentami, że takiego systemu nie da się zbudować na skutek trudności wykrytych przez teorię poznania, a z drugiej złożoność i obfitość danych dostarczanych przez nauki przyrodnicze uniemożliwia ich pojęcie w całości. Do najbardziej znanych krytyków możliwości zbudowania spójnego i przekonującego systemu metafizycznego należą: David Hume, Immanuel Kant, Fryderyk Nietzsche, pozytywiści logiczni z Rudolfem Carnapem na czele (por.