W początkach XI wieku miasto zniszczyła powódź. Bolesław Chrobry, odbudowując Poznań, powiększył go i zatarł podział na gród i podgrodzie. Okres świetności grodu skończył się wraz z najazdem Brzetysława w 1038 i pogańską reakcją. Z tego okresu prawdopodobnie pochodzą ślady spalenizny odkryte przez archeologów. Według Galla Anonima zniszczenia na skutek najazdu Brzetysława były tak duże, że w ruinach katedry miały swoje legowiska dzikie zwierzęta.
Zniszczony Poznań odbudował i powiększył Kazimierz Odnowiciel, który też jednak przeniósł stolicę do Krakowa. W okresie rozbicia dzielnicowego po 1138 r. Poznań przypadł Mieszkowi III Staremu i stał się stolicą Wielkopolski. W 1146 roku miasto obległ Władysław II Wygnaniec, który w ten sposób dochodził swoich praw do tronu (w mieście schronili się jego młodsi bracia, których chciał odsunąć od władzy), oblężenie zakończyło się jednak niepowodzeniem i klęską oblegających. W 1240 roku gród został odnowiony przez Przemysła I, jednak już w 1253 roku zdecydował się on lokować nowe miasto na zachodnim brzegu Warty, ok. 1290 r. przeniósł tam też siedzibę książęcą (później królewską). Od tego momentu wyspa znalazła się w wyłącznym władaniu biskupów poznańskich.