Dobra należące do opactwa szybko się powiększały. W 1534 roku w posiadaniu zakonu znajdowało się 21 wsi, ponad 29 000 ha ziemi ornej i około 4000 ha lasów. Dawało to opactwu znaczne dochody, co umożliwiało rozbudowę kościoła i klasztoru. Cystersi sprowadzali osadników niemieckich i szerzyli wysokiej klasy gospodarkę rolną. Na mocy postanowienia sejmu w Piotrkowie z 1538 roku, stanowisko opata zarezerwowano dla Polaków. Od połowy XVI wieku nastąpił intensywny proces spolszczania klasztoru, przeorami paradyskimi bywali sekretarze królewscy, kanclerze koronni, mężowie stanu.
W 1740 roku miał miejsce napad na klasztor paradyski, którego dokonała regularna armia Prus. Przyczyną, która doprowadziła do tej sprawy, była osobliwa mania władcy Prus Fryderyka Wilhelma I wyszukiwania wyjątkowo rosłych rekrutów i wcielania ich siłą do organizowanej przez siebie gwardii olbrzymów. We wsi Wyszanowo należącej do klasztoru paradyskiego mieszkał sołtys nazwiskiem Klimke, na swoje nieszczęście chłop olbrzymiego wzrostu. Uzbrojeni werbownicy pruscy, przekroczyli polską granicę i uprowadzili go poturbowawszy przy tym jego chorą żonę. W odwet za to opat zatrzymał w klasztorze dwóch kupców pruskich z brandenburskiego Sulechowa. Wówczas to król pruski 21 marca 1740 roku wysłał na niczego nie spodziewający się klasztor oddział wojsk.