W 1811 klasztor augustianek został zamknięty przez władze w ramach przymusowej laicyzacji. Katarzyna ciężko zachorowała i wydawało się, że jest to choroba śmiertelna. W tym czasie pojawiły się u niej stygmaty. W czasie choroby miała wizję Maryi, mówiącej: Jeszcze nie umrzesz, jeszcze wiele o tobie mówić będą, ale nie bój się! Jakkolwiek ci powodzić się będzie, zawsze doznasz pomocy.
Po wyzdrowieniu zakonnica wraz z ks. Lambertem wprowadziła się do domu wdowy Roters w Dülmen. Tuż po przeprowadzce znowu zapadła ciężko na zdrowiu. Wezwano do niej dominikanina o. Limberga, by udzielił jej sakramentu chorych. Zakonnik ten stał się odtąd jej stałym spowiednikiem. W październiku 1813 Anna Katarzyna przeniosła się wraz z ks. Lambertem do domu piekarza i piwowara Umberga, brata jej spowiednika. Ciężko chora i cierpiąca, wkrótce nie była już w stanie wstawać z łóżka.
Anna Katarzyna stała się wówczas powszechnie znana jako stygmatyczka i wizjonerka. Podejrzewając oszustwo, jej stygmaty poddawano wielokrotnym badaniom. Zmarła w 1824. Pisarz Clemens Brentano spisał wizje Anny Katarzyny Emmerich, m.in.