Mimo tego i dalszych zwycięstw Jakub nie uzyskał akceptacji papieża dla swego sycylijskiego władztwa.
Król Aragonii Ekskomunika papieska nie przeszkodziła Jakubowi objąć tronu królestwa Aragonii, Walencji, Majorki i hrabstwa Barcelony po bezpotomnej śmierci Alfonsa III 18 czerwca 1291. Po koronacji Jakuba na króla Aragonii, zgodnie z testamentem Alfonsa III, władzę na Sycylii miał objąć młodszy brat, Fryderyk, jednak Jakub nie uznał woli swego zmarłego brata i mianował Fryderyka jedynie namiestnikiem wyspy. Objąwszy władzę w Aragonii Jakub musiał uregulować stosunki z królestwem Kastylii, gdzie do niedawna trwała wojna domowa, w którą zaangażowany był Alfons III. Król Jakub w 1291 zawarł w układ z królem Kastylii Sanczem IV, na mocy którego Jakub swe wycofał poparcie dla kastylijskich buntowników, nadto ustalono podziały stref wpływów podczas rekonkwisty, Aragonia miała odtąd wolną rękę na wybrzeżu tunezyjskim. Układ z Kastylią został przypieczętowany małżeństwem Jakuba z Izabelą, córką Sanczo IV, mającą w chwili ślubu zaledwie 8 lat.