Gdy tamtejsze władze odcięły dostawy wody, Johnson nakazał wybudowanie własnych stacji pomp i zabronił robotnikom kubańskim wydawać pieniądze poza bazą. W 1964 roku prezydent Panamy Roberto Chiari zażądał od władz USA zmiany układu o kontroli Kanału Panamskiego. Johnson zgodził się, by stopniowo przekazywać Panamie kontrolę nad Kanałem, jednak porozumienie podpisała dopiero administracja Jimmy’ego Cartera w 1978 roku.
W 1964 roku odbyły się wybory prezydenckie, w których Johnson pragnął zdobyć mandat poparcia od suwerena, a nie w wyniku sukcesji. Na sierpniowej konwencji demokratów w Atlantic City uzyskał nominację w pierwszym głosowaniu. Kandydatem na wiceprezydenta został Hubert Humphrey. Partia Republikańska desygnowała Barry’ego Goldwatera i Williama Millera. Dzięki programowi społecznemu i reformom w zakresie polityki wewnętrznej, Johnson uzyskał niespełna 43 miliony głosów powszechnych wobec 27 milionów dla Goldwatera. Stanowiło to największy odsetek głosów (61%) w historii wyborów w Stanach Zjednoczonych. W Kolegium Elektorów kandydat demokratów uzyskał 486 głosów, wobec 44 głosów dla republikanina.