W latach 1999–2007 był pierwszym dyrektorem Prawosławnego Ośrodka Miłosierdzia „Eleos” Diecezji Warszawsko-Bielskiej. Nadzorował z ramienia metropolity prace adaptacyjno-remontowe budynków Domów Opieki w Grabarce i Stanisławowie. Od 1 sierpnia 2001 do 1 września 2010 był prorektorem i wykładowcą teologii pasterskiej i duchowości w Prawosławnym Seminarium Duchownym w Warszawie. W latach 2003–2007 był proboszczem parafii św. Jana Klimaka w Warszawie na Woli.
Decyzją Świętego Soboru Biskupów Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego z 20 marca 2007 archimandryta Paisjusz został wybrany na biskupa piotrkowskiego, wikariusza diecezji łódzko-poznańskiej. Chirotonię biskupią przyjął 13 kwietnia 2007 w katedrze metropolitalnej św. Marii Magdaleny w Warszawie. Z ramienia Świętego Soboru Biskupów PAKP odpowiedzialny za Służbę Więzienną w RP. 10 marca 2009 został wikariuszem diecezji przemysko-nowosądeckiej, z tytułem biskupa gorlickiego. 14 stycznia 2013 Patriarcha Gruziński Eliasz II powołał biskupa Paisjusza na członka Rady Naukowej Prawosławnej Akademii Teologicznej w Tbilisi (Gruzja). Wielokrotnie reprezentował Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny podczas oficjalnych delegacji i konferencji w Ziemi Świętej, Gruzji, Grecji, Bułgarii, Rosji, Białorusi, Niemczech, Czechach, Słowacji i Ukrainie.