Odeszli z reprezentacji Niemiec po jej fatalnym występie na mistrzostwach Europy 2004 w Portugalii.
Od 24 sierpnia 2004 do 9 października 2005 roku pełnił funkcję koordynatora do spraw szkolenia młodzieży w DFB, a od 9 października 2005 do 18 maja 2008 roku był trenerem Bayeru 04 Leverkusen.
Od 11 czerwca 2008 do 23 lutego 2009 roku trenował turecki Galatasaray SK, z którym w tym okresie zdobył Superpuchar Turcji 2008Yeni Teknik Direktörümüz Michael Skibbe [data dostępu: 2008-06-11] [data dostępu: 2008-06-11]Korkmaz replaces Skibbe at Galatasaray [data dostępu: 2009-02-23] .
Od 1 lipca 2009 do 22 marca 2011 roku był trenerem Eintrachtu Frankfurt [data dostępu: 2011-03-22] [data dostępu: 2009-06-05] , od 17 lutego 2011 do 27 grudnia 2011 roku trenował turecki Eskişehirspor, a od 27 grudnia 2011 do 12 lutego 2012 roku prowadził Herthę BerlinHertha BSC bestätigt Skibbe-Verpflichtung [data dostępu: 2011-12-22] Trainerwechsel: Hertha BSC trennt sich von Skibbe [data dostępu: 2012-02-12] .
17 maja 2012 objął posadę trenera tureckiego KarabüksporuKarabük Skibbe'ye emanet [data dostępu: 2012-05-19] , którą utracił 4 listopada 2012 rokuKarabükspor'da Skibbe dönemi bitti!