W latach 880–894 terytorium to było częścią Państwa wielkomorawskiego, a następnie na krótko znalazło się pod dominacją wschodnich Franków.
Był to ważny ośrodek już w czasach panowania pierwszego króla Węgier Stefana I, który na przełomie X/XI wieku zdecydował o umieszczeniu w Győr jednego z pięciu pierwszych biskupstw na Węgrzech i siedzibą komitatu. W tym okresie powstała tu też pierwsza romańska katedra. W XIII wieku został zajęty przez Mongołów w czasie najazdu na Węgry w latach 1241–1242, a następnie zniszczone przez wojska czeskie Ottokara II w 1271. Podczas odbudowy w 1271 roku miejscowość otrzymała od Stefana V prawa miejskie. W związku z najazdami, w XIII wieku obok katedry na wzgórzu Káptalan zbudowano zamek biskupi (Püspökvár). Podczas I wojny austriacko-tureckiej w 1529 roku Austriacy spalili miasto nie broniąc go przed wojskami Sulejmana Wspaniałego, dlatego turecka nazwa miasta to Yanık kala („spalone miasto”). Po odstąpieniu Turków i rozbiorach Królestwa Węgier w Układzie w Wielkim Waradynie austriaccy Habsburgowie po 1537 roku otoczyli miasto fortyfikacjami bastionowymi wg planów włoskich architektów. Zadaniem twierdzy miała być ochrona Wiednia od południowego wschodu. Podczas III wojny austriacko-tureckiej przez krótki okres w latach 1594–1598 twierdza i miasto znajdowały się pod okupacją turecką.