W wyniku kolejnych awansów Husák stał się jednym z przywódców partii - latem 1943 r. wraz z Karolem Šmidke i Lacą Novomeským wszedł do piątego - po aresztowaniu poprzednich - podziemnego kierownictwa Komunistycznej Partii SłowacjiJ. Tomaszewski, Czechy i Słowacja, TRIO, Warszawa 2006, s. 131-132. i został członkiem KC KPS. Zgodnie z wytycznymi kierownictwa KPCz w Moskwie robił wszystko, by przeforsować pogląd o konieczności stworzenia szerszej płaszczyzny w walce z reżimem na Słowacji oraz Niemcami hitlerowskimi. Brał udział w podpisaniu tzw. umowy bożonarodzeniowej (24 grudnia 1943) i stworzeniu podziemnej Słowackiej Rady Narodowej (SRN). Z ramienia Rady skontaktował się z przedstawicielami konspiracji wojskowej, którzy skupieni byli wokół podpułkownika Jána Goliana. W sierpniu 1944 wybuchło słowackie powstanie narodowe. W Bańskiej Bystrzycy, siedzibie władz politycznych i sztabu wojskowego powstania, Husák został wiceprzewodniczącym SRN i kierował pracami jej resortu spraw wewnętrznychAndrzej Grajewski, Gustav Husak w: Wojciech Roszkowski, Jan Kofman (red.), Słownik biograficzny Europy Środkowo-Wschodniej XX wieku, Instytut Studiów Politycznych PAN, Warszawa 2004, , s.