rozpoczyna się okres jego największego rozkwitu przypadający na XII i XIII w. Dziesięć lat później, w 1269 r. opactwo staje się klasztorem królewskim, przywilej ten potwierdzają kolejni królowie: Jan II, Karol VIII i Ludwik XII.
Podczas trwania wojny stuletniej w 1359 zostało obrabowane przez armię Edwarda III, króla Anglii; rabunki klasztoru miały także miejsce w trakcie wojen religijnych, co spowodowało podupadnięcie klasztoru.
W 1547 r. wprowadzono w życie Commende regime oznaczające, że przeor klasztoru jest nominowany przez króla, a nie wybierany przez mnichów.
W 1745 r. z nieznanych dziś przyczyn mnisi tam przebywający zdemolowali refektarz.
Z nastaniem Wielkiej Rewolucji Francuskiej życie zakonne w opactwie praktycznie przestało istnieć, by w 1790 ośmiu ostatnich mnichów opuściło klasztor (spotkać też można datę 1791 i liczbę dziewięciu mnichów). Wraz z tym wydarzeniem losy klasztoru poważnie zmieniły się. W 1791 rząd rewolucyjny sprzedał klasztor Mr. Hugot, który przekształcił go w papiernię, która działała w nim przez następne stulecie. W 1820 r. Fontenay zostało kupione przez Elie de Montgolfier, potomka jednego z braci Montgolfier, wynalazców balonu na rozgrzane powietrze, który to rozwinął produkcję papieru. W tym okresie w klasztorze (w 1838) pracował też uczony Marc Seguin, natomiast w 1852 r.