Wzięła też udział w walkach przeciwko chińskiemu powstaniu bokserów, okupując terytorium Mandżurii.
Stało się to powodem zatargów z Japonią, która w podobny sposób opanowała Półwysep Koreański, a następnie doprowadziło do wojny japońsko-rosyjskiej w 1904 roku. Poprzedzona ona została napaścią Japończyków, bez uprzedzenia, na flotę rosyjską, bazującą w Port Artur. Walki prowadzone na lądzie w Mandżurii były bardzo krwawe, zakończyły się kapitulacją Rosjan w oblężonym Port Artur. Najtragiczniejszy dla Rosji był pogrom w Cieśninie Cuszimskiej wojennej floty bałtyckiej, która przypłynęła na front dalekowschodni z opóźnieniem, już po kapitulacji wojsk rosyjskich w Mandżurii. Wojnę zakończył traktat pokojowy podpisany w sierpniu 1905 roku, zawarty za pośrednictwem Stanów Zjednoczonych. Zgodnie z nim Rosja oddała Południowy Sachalin i kolej południowomandżurską Japonii, która przejęła również dzierżawę Półwyspu Liaotuńskiego z Port Artur.