W roku 1136, po śmierci Judyty, bez trudu uzyskała nominację na miejsce po swojej mentorce.
Hildegarda, chcąc realizować własną koncepcję roli mniszek jako „poślubionych Chrystusowi”, wkrótce doprowadziła do przeniesienia konwentu do ufundowanego przez jej rodzinę klasztoru we wsi Rupertsberg („Klasztor Rupertsberg”), by nie dzielić murów z zakonnikami. Po pewnym czasie zbudowała dla swojego zakonu nowy klasztor w Eibingen (dziś część Rüdesheim am Rhein), zyskując dzięki temu jeszcze większą niezależność.
Wizje Już jako przeorysza ujawniła, że od trzeciego roku życia regularnie miewała wizje, podczas których komunikowała się z Bogiem, ale przez skromność i nieśmiałość nie ujawniała tego faktu. Dopiero w wieku 42 lat, po osiągnięciu najwyższego dostępnego kobiecie stanowiska w Kościele i uzyskaniu wpływów w najważniejszych biskupstwach i na dworze papieskim, zaczęła głośno mówić o swoich nadzwyczajnych zdolnościach.
Historyk Charles Singer w artykule w 1917 roku „The Visions of Hildegard of Bingen” sugeruje, że jej wizje miały podłoże migrenowe. Ten punkt widzenia popiera również neurolog Oliver Sacks, który podaje, że obrazy namalowane pod wpływem wizji wyglądają jak typowe obrazy widziane w niektórych przypadkach migreny.