Wyeliminowanie glutenu z diety nie ma jakiegokolwiek bezpośredniego wpływu na osoby zdrowe. Dieta bezglutenowa nie zwiększa ryzyka wystąpienia otyłości u osób zdrowych (inaczej niż u chorych na celiakię). Stosowanie diety tego rodzaju przez osoby zarówno zdrowe, jak i chore, może mieć wpływ negatywny. Poprzez zmniejszoną podaż błonnika, dieta ta powoduje zaburzenia funkcjonowania układu trawiennego a także skutkuje niedoborem witamin grupy B, witaminy D, wapnia, żelaza, cynku lub magnezu, co w konsekwencji może prowadzić do występowania zmniejszenia gęstości tkanki kostnej. Równocześnie osoby zdrowe przechodzące na dietę bezglutenową mogą przykładać większą uwagę do zdrowszego odżywiania się, między innymi unikając fast foodów i jedząc więcej warzyw (co redukuje ryzyko wystąpienia miażdżycy).