W latach 1990–1996 pełnił rolę Rejonowego Aresztu Śledczego, podlegały mu jednostki w Hajnówce, Giżycku, Ostrołęce i Suwałkach. W 1996 roku nastąpiła ponowna reorganizacja Służby Więziennej i Areszt Śledczy w Białymstoku stał się największą samodzielną jednostką w regionie. Od lutego 2000 roku funkcjonuje tu Ośrodek Diagnostyczny, a od września 2003 roku Pawilon IV, w którym przebywają skazani i aresztowani zakwalifikowani jako wymagający osadzenia w wyznaczonym oddziale lub celi aresztu śledczego lub zakładu karnego typu zamkniętego w warunkach zapewniających wzmożoną ochronę społeczeństwa i bezpieczeństwo aresztu lub zakładu. Przebudowano również śluzę przy bramie głównej, zmodernizowano przywięzienny hotel, odnowiono posterunki zewnętrzne, stanowisko dowodzenia oraz wyremontowano pomieszczenia w budynku administracyjnym. Wybudowano nowe wejście dla interesantów i doprowadzanych osadzonych. W 2005 roku przebudowano salę widzeń, salę wokand, pokoje przesłuchań oraz widzeń osadzonych z obrońcami.
AŚ obsługuje sądy i prokuratury w Białymstoku, Wysokiem Mazowieckiem, Grajewie, Sokółce, Zambrowie, w stosunku do kobiet dodatkowo Giżycku i Ełku.