W roku 1682 z przyczyn zdrowotnych Boerhaave przeniósł się na stałe do Lejdy.

Edukacja W wieku 16 lat rozpoczął na Uniwersytecie w Lejdzie studia matematyczne, filozoficzne i teologiczne (ukończone w listopadzie roku 1690 uzyskaniem tytułu magistraUzyskał tytuł magistra filozofii broniąc tezy o rozdzielności ciała i umysłu (Knoeff 2002, s. 29).), a następnie, na Uniwersytecie w Hardewijk, medyczne (1693Studia te ukończył broniąc pracy o użyteczności badania ludzkich wydalin dla celów diagnostycznych.). W trakcie studiów w Lejdzie stał się znany dzięki prowadzeniu dysput filozoficznych. Za jedną z nich, dotyczącą rozumienia przez Cycerona epikurejskiej koncepcji najwyższego dobra, został nagrodzony przez władze uniwersytetu złotym medalem.

Praca zawodowa i naukowa Punktem zwrotnym w karierze Boerhaave’a było wysunięcie wobec niego podejrzeń o obronę poglądów filozoficznych Spinozy – w protestanckiej Holandii opinia wyznawcy filozofii Spinozy równoznaczna była z uznaniem za ateistę. Porzucił on plany zostania duchownym i został lekarzem. Początkowo praktykował jako lekarz ogólny, jednak szybko rozpoczął karierę akademicką. W roku 1701 został wykładowcą medycyny na Uniwersytecie w Lejdzie. Jego wykłady cieszyły się wielką popularnością ściągając studentów z całej Europy, a nawet spoza niej.