Pod zaborem rosyjskim klasztor został zlikwidowany w 1872, zaś cerkiew zamieniona w świątynię prawosławną w jurysdykcji patriarchy Moskwy w 1875 (jako ostatnia na terenie zaboru, w ramach likwidacji unickiej diecezji chełmskiej). Był to najdłużej działający w Imperium Rosyjskim klasztor bazyliański. Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę monaster w 1929 zwrócony jego pierwszym właścicielom, którzy początkowo zamieszkiwali jedynie część budynku. W 1932 cerkiew przyjęła rolę parafialnej, a w cztery lata później bazylianie odzyskali cały obiekt.

Cerkiew uległa całkowitemu zniszczeniu podczas powstania warszawskiego. Została odbudowana w latach 1946–1949 według projektu J. Grudzińskiego. Po II wojnie światowej warszawski klasztor był jedynym legalnie działającym klasztorem bazyliańskim w Europie Środkowo-Wschodniej.

W 1965 roku klasztor i świątynia zostały wpisane do rejestru zabytków.

W świątyni dwukrotnie gościł papież Jan Paweł II: 14 czerwca 1987 pojawił się tu wcześniej niezapowiedziany ze względów politycznych, zastając jedynie przełożoną prowincjalną sióstr służebniczek ukraińskich i dwóch zakonników, papież pozdrowił ich słowami: Sława Isusu Chrystu i ucałował ikonę znajdującą się pośrodku cerkwi.