Serial ukazuje czwarty i piąty rok pięcioletniej misji USS Enterprise, której pierwsze trzy lata zostały zaprezentowane w Serii oryginalnej. Kilka odcinków stanowi bezpośrednie sequele epizodów wcześniejszego serialu. Zasadnicza koncepcja fabularna nie uległa poważniejszym zmianom. Zmiana formy na animowaną pozwoliła scenarzystom na znacznie odważniejsze tworzenie opowieści, które ze względu na koszty scenografii czy efektów specjalnych bardzo trudno byłoby zrealizować w serialu aktorskim.
Następne pokolenie (1987–1994)
Fabuła serialu Star Trek: Następne pokolenie (ang. Star Trek: The Next Generation, TNG) rozgrywa się wokół załogi statku kosmicznego Enterprise, który odbywa pięcioletnią misję badawczą w Kwadrancie Alfa Drogi Mlecznej. Akcja rozpoczyna się w 2364 roku, 100 lat po rozpoczęciu pierwszej misji pięcioletniej dowodzonej przez Jamesa T. Kirka. mały|Kapitan PicardKlimat serialu jest bardziej pokojowy, nastawiony na dyplomację, eksplorację i rozstrzyganie problemów natury moralno-społecznej. Nowy Enterprise jest okrętem flagowym Zjednoczonej Federacji Planet. Poza załogą na pokładzie przebywają cywile.